Ngày 16-10-2006, Ủy Ban Nhân Dân thành phố Cần Thơ ra quyết định số 4077/ UBND-XDCB về việc đầu tư xây dựng Học viện Phật giáo Nam tong Khmer tại phường Châu Văn Liêm, quận Ô Môn, thành phố Cần Thơ có diện tích 113.100m2.

Hiện nay do công tác chuẩn bị mặt bằng, đầu tư xây dựng nên Học viện tạm thời đóng tại chùa Pôthisomrôn thuộc khu vực 4, phường Châu Văn Liêm, quận Ô Môn, thành phố Cần Thơ. Nơi đây cất Tăng xá làm nơi đào tạo các Tăng sinh.
Khóa đầu tiên khai giảng vào năm 2007 có 69 Tăng sinh theo học và sẽ tốt nghiệp vào năm 2011 (hiện nay, còn 65 Tăng sinh do 4 Tăng sinh xin chuyển qua học tại Thái Lan). Trường tiếp tục chiêu sinh khóa 2 để đào tạo các Cử nhân Phật học đáp ứng nâng cao học hỏi của các chư Tăng Phật giáo Nam Tông.
Điều kiện để theo học là các Tăng sinh này phải tốt nghiệp Trung cấp Pali Nam bộ ở Sóc Trăng hay các trường trung cấp Phật học của các tỉnh Bạc Liêu, Kiên Giang và Trà Vinh. Đây chính là nguồn sinh viên để cung cấp Tăng sinh cho học viện.

Giảng viên của học viện là các giảng sư đang giảng tại Học viện Phật giáo tại TP. Hồ Chí Minh (Thiền viện Vạn Hạnh), giảng viên trường Đại học Cần Thơ, các vị giảng viên Khmer đang giảng tại các tỉnh Trà Vinh, Sóc Trăng và Ban Tôn giáo - Dân tộc thành phố Cần Thơ. Các giảng viên dạy bằng tiếng Việt hay tiếng Khmer.
Viện trưởng là hòa thượng đức Phó Pháp chủ Nã Na Dhammo Danh Nhưỡng.

Trung tâm sách kỷ lục Việt Nam chính thức công nhận đây là kỷ lục Việt Nam.