Do được xây dựng bằng gỗ nên theo thời gian bị xuống cấp vì vậy đến đầu năm 2004, khu Chánh Điện, nhà Tổ của chùa được trùng tu lớn. Tầng trên là nội điện thờ Phật, có nhiều ô cửa sổ, bên ngoài có lan can, bên trong tôn trí tượng Phật Thích Ca và Tam thế Phật. Xung quanh có bốn lớp lan can giống như những tầng mây trắng, và mỗi vì sao là những ô cửa gió có hình chữ "Phật". Hai bên hông lan can là hai cầu thang dẫn lên nội điện. Nổi bật trên nền kiến trúc nội điện là bức phù điêu cội bồ đề và phong cảnh sông Ni Liên Thiền. Bức phù điêu được đắp bằng xi-măng trên vách sau chánh điện, xung quanh có tạc hình các vị thần Hộ pháp.
Cây bồ đề thực hiện theo hình dạng phù điêu đắp nổi, do thầy Hoàng Hiển (nguyên làm nghề thợ bạc, sau khi xuất gia phụ trách phần hoa văn trang trí) trực tiếp thi công. Số lá vừa lớn vừa nhỏ lên đến gần 10.000 được làm từ khuôn và do các Phật tử công quả in ra. Thân cây và nhánh được đắp bằng bê tông cốt thép, tạo dáng về màu sắc, về hình vóc như cây bồ đề thật đặt ở bức tường phía sau tượng Đức Phật. Bức tường này cao 25m, ngang 13m.
Với chiều cao, chiều rộng như vậy, đã tạo nên một diện tích đủ để cây bồ đề có đọt. Vì vậy, nên khi chiêm bái, thiện nam tín nữ đều chung một cảm nhận cây bồ đề ở chùa Vạn Đức tuy là phù điêu đắp nổi nhưng không những có đọt mà còn có cả bầu trời trăng sao lồng lộng khiến trông sống động giống như cây thật.

Trung tâm sách kỷ lục Việt Nam chính thức công nhận đây là kỷ lục Việt Nam.