Năm 1927, sau mùa An Cư, Hòa thượng khai sơn Thượng Thiện Hạ Quang húy Hồng Xưng xin với Tổ Phi Lai lên núi ẩn tu được Tổ chấp thuận.Ngài lên núi dạo xem khắp nơi, lập am tranh tu hành.
Năm 1937, Hòa thượng Vạn Đức đã đủ nhân duyên xuất gia tu học với Hòa Thượng Thượng Thiện Hạ Quang. Từ cái nôi đó, Ngài đã tinh cần tu học trở thành bậc Danh Tăng và đã đem trí huệ của mình làm cho giáo nghĩa kinh điển Đại Thừa được lưu thông, khiến cho đại chúng vô cùng lợi ích.
Năm 1943, Hòa thượng Vạn Đức khởi công trùng tu chánh điện khang trang, mái lợp ngói. Nhưng do thời gian và chiến tranh, chùa bị tàn phá. Sau chiến tranh, vào năm 1976, một ngôi chùa nhỏ được dựng lên, người dân quen gọi là chùa Lá. Năm 1995, chính quyền đã cấp giấy phép xây dựng một chùa mới quy mô trên diện tích khoảng 6ha gần bên nền chùa cũ. Vị trí của chùa nằm trên một sườn đồi thoai thoải, bốn bề lộng gió, thanh bình, trời quang thanh khiết.
Sau 10 năm xây dựng, chùa Vạn Linh đã hoàn thành, cùng với việc xây dựng chánh điện, nhà tổ, bảo tháp, trai đường, lầu chuông, tháp Tổ ..., chùa xây dựng một công trình kiến trúc đặc biệt. Đó là, tòa tháp thờ Quan Âm - "Bảo cát Quan Âm" - cao 41,50m theo mẫu Bồ Đề Đạo Tràng (Ấn Độ) gồm bảy tầng (không kể tầng trệt và tầng nóc) đặt thờ nhiều vị Phật, Bồ tát được tạc bằng đá quý ở Thanh Hóa.

Tầng 7 thờ Xá lợi đức Phật Thích Ca tượng trưng đại hùng, đại lực, đại từ bi; tầng 6 thờ Bồ tát Quán Thế Âm tượng trưng đại bi; tầng 5 thờ Bồ tát Đại Thế Chí tượng trưng đại lực; tầng 4 thờ Bồ tát Văn Thù tượng trưng đại trí; tầng 3 thờ Bồ tát Phổ Hiền tượng trưng đại hạnh; tầng 2 thờ Bồ tát Địa Tạng tượng trưng đại nguyện; tầng 1 thờ Bồ tát Di Lặc tượng trưng đại từ; tầng trệt thờ Bồ tát Quán Thế Âm.
Tượng Bồ tát Quán Thế Âm bằng đá ở tầng trệt được tạc rất đẹp, thể hiện tính từ bi cứu độ của Ngài, là nơi tập trung lễ bái và lưu ảnh kỷ niệm của nhiều du khách, Phật tử. Tượng nặng nhất là Bồ tát Di Lặc 2,6 tấn, tượng nhẹ nhất là Bồ tát Văn Thù 1,6 tấn.
Công trình tạc tượng do nghệ nhân Mai Đình Hữu thực hiện. Bảo các được khởi công vào ngày vía Bồ tát Quán Thế Âm 19 tháng 2 năm Canh Thìn (24-3- 2000) và An vị các bảo tượng vào ngày vía Bồ tát Quán Thế Âm 19 tháng 2 năm Quý Mùi (năm 2003).

Trung tâm sách kỷ lục Việt Nam chính thức công nhận đây là kỷ lục Việt Nam.