Chức năng chính của trung tâm là quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị quần thể di tích Cố đô Huế (được Unesco công nhận là Di sản Văn hóa thế giới từ năm 1993), giá trị Nhã nhạc - Âm nhạc cung đình Việt Nam (được Unesco công nhận là Di sản phi vật thể đại diện của nhân loại năm 2003), và cảnh quan môi trường gắn liền với quần thể di tích.

Từ năm 2000 đến nay, trong các kỳ festival Huế, Trung tâm bảo tồn di tích Cố đô Huế phối hợp với các cơ quan chuyên môn để trở thành một đơn vị tổ chức các chương trình lễ hội truyền thống cung đình Huế. Đặc biệt trong Festival Huế 2010, Trung tâm bảo tồn di tích Cố đô Huế cùng với các đơn vị phối hợp tổ chức các chương trình như Đêm Hoàng cung, lễ Tế giao, Huyền thoại sông Hương, Hành trình mở cõi. Mỗi một lễ hội đều có những bước nghi thức mà phần hồn của nó chính là âm nhạc lễ nghi cung đình. Ngoài ra, các loại hình âm nhạc mang tính giải trí tiêu khiển như múa Huế, tuồng Huế, ca Huế...được thế giới biết đến cũng được Trung tâm bảo tồn di tích Cố đô Huế phục hồi, giúp người xem trong và ngoài nước cảm nhận những lễ hội truyền thống của vùng đất cố đô.