Bảo tàng có 1 trệt, 5 lầu với diện tích 600m², gồm 24 phòng, trong đó có 16 phòng trưng bày. Mỗi lầu được trang trí theo một cách riêng như: gỗ chạm, khảm trai, sơn son thếp vàng, nhưng đều được xây dựng chủ yếu từ nguyên liệu gỗ, chạm khắc tinh xảo theo phong cách kiến trúc truyền thống Việt Nam, được các thợ thủ công xây dựng trong 3 năm.

Hiện bảo tàng trưng bày khoảng 3.000 hiện vật, trình bày theo lịch sử y học cổ truyền Việt Nam từ xa xưa đến thời hiện đại. Đó là phiến đá có niên đại ước tính cách đây 2.000 năm với vết lõm hình thuyền tán thuốc (trưng bày ở phòng số 3). Ở phòng số 4 trưng bày 15 bức tranh sơn son thếp vàng các danh y và tác giả y học cổ truyền Việt Nam từ thế XII-XVIII, cùng bức đại tự treo trên trần nhà viết câu nói nổi tiếng của Tuệ Tĩnh “Nam dược trị Nam nhân”. Bên cạnh đó còn có bức tranh gỗ chạm nổi “Việt Nam bách gia y”, vinh danh tên tuổi 100 danh y có công đóng góp cho y học cổ truyền Việt Nam từ thế kỷ XII đến đầu thế kỷ XX.

                                    Một "khu phố thuốc bắc" trong bảo tàng 

Kho tư liệu rất phong phú với các sách Hán, Nôm của Lê Hữu Trác, Tuệ Tĩnh, đặc biệt có bộ tranh “Việt Nam bản thảo” dày 12 trang, mỗi trang có kích thước 0,5mx1,6m vẽ hình gần 2.000 cây thuốc Việt Nam. Ngoài ra còn có các bộ sưu tập hũ rượu thường dùng để ngâm rượu thuốc, bộ sưu tập ấm chén thuốc và bình trà, bộ sưu tập các hiện vật sử dụng rộng rãi trong các tiệm thuốc cũng như đời sống hàng ngày của người Việt như chày cối, cân ta, cân tây, bàn tính, bản ván khắc toa thuốc, bảng quảng cáo thuốc, v.v..

Riêng phòng số 16 được trang trí theo phong cách cung đình, nên được gọi là Thái y viện (nơi chăm sóc sức khỏe cho vua chúa và hoàng tộc), trên tường treo các bức tranh sơn son thếp vàng miêu tả cảnh hái trồng cây thuốc, bào chế, bắt mạch, kê đơn. Trong các tủ kính trưng bày một số đồ quí dùng cho giới quí tộc, trong đó có các bộ ấm trà và chén uống thuốc. Nơi đây còn được dùng làm phòng chiếu phim tài liệu giới thiệu về y học cổ truyền Việt Nam phục vụ khách tham quan.

Bảo tàng ra đời từ ý tưởng và quá trình sưu tập trong vòng 10 năm của ông Lê Khắc Tâm - Chủ tịch công ty Dược phẩm Fitô Pharma, với mong muốn góp phần bảo tồn những tài sản quý giá của ngành y học cổ truyền, đồng thời giúp cho những người quan tâm đến lịch sử y học cổ truyền Việt Nam có thể tham quan, tìm hiểu và nghiên cứu.

Trung tâm sách Kỷ lục Việt Nam chính thức công nhận đây là kỷ lục Việt Nam.